由来

　寛政2年（1790）箱館の開発者、高田屋嘉兵衛が兵庫において航海を業とする際、久留米の水天宮より航海の守護神として分祀を願い出、文化9年（1812）箱館に奉斎した。同11年嘉兵衛が幕府の命により、蝦夷地定雇の船頭となってから現大町に居を構え、現東川町の海岸寄りに社殿を建てる。海上守護神として嘉兵衛の崇敬は勿論のこと付近住民の信仰も篤かった。天保年間高田屋の衰微と共に管掌する者がなく過していたが、明治21年神威をかしこみ、東川町の有志及び東雲町町民が相計らい、現在地に氏神として奉遷した。昭和9年3月の大火に類焼したが同年6月に再建、東京の水天宮の分霊を奉斎した。昭和22年4月30日函館水天宮として神社本庁の承認を得て創立登記を完了。昭和26年12月28日従来境内地として借地中のところ買収の上登記を完了した。