由来

　明治32年7月15日、屯田兵第3大隊第5中隊99戸が士別へ入地、練兵場の一角に開拓記念標を建て、天照皇大神を奉斎、同15日入隊式が行われた。これが士別開基・士別神社の御創祀で、以来この日が例祭日に定められた。次いで明治35年士別村独立を契機に名越源五郎中隊長は社殿建立を屯田兵一同に議り、現・九十九山に共同作業で祠を建立、次いで明治45年明治天皇遙拝殿を建立、爾来拝殿として使用された。大正4年士別町制施行、公認神社創立準備が始まり翌5年兵村より神社用地が寄付された。7年創立出願、翌8年創立認可、村社に列格した。
　大正13年御造営事業が始まり、同15年本殿竣功、遷座祭斎行。昭和3年御大典の慶事と士別開基30年に際会、拝殿工事開始、全町民の熱烈な奉賛を得て昭和5年7月14日竣工、道北随一といわれる壮麗な御社殿が完成した。昭和14年には東山神社(無願社)を合祀、翌15年紀元二千六百年を記念して郷社昇格出願、昭和17年郷社に昇格した。
　戦後、神社制度変革にともない、昭和21年神社本庁所轄の法人となった。昭和35年以降10年毎に式年大祭を斎行記念事業を実施。平成11年御創祀百周年に際会、道北一の規模を誇る延坪526坪(1734平米)の新社務所参集殿建設・弓道場移設ほか総額3億3千万円余りの浄財奉納を賜り、記念事業を完遂して奉祝祭を斎行した。平成21年篤志奉賛をいただき社殿洗浄修復他施設改修事業を実施し、百十周年臨時大祭を斎行。愈々森厳さを増しつつ士別市の鎮守様、広く安らぎ幸せの守り神として崇められている。
合併により合祀された歴史をもつ御祭神
東山神社　相馬大神　明治40年創祀　昭和14年4月25日合祀

社宝等

祝詞（「例大祭」明治36年）
御鏡（2面）（「奉納」明治41年）
碑（「山神」明治35年）
旧手水舎・手水石（大正12年）
額（「奉献句集」大正15年）
箱（「神具」明治39年）
創立関係文書
昇格関係文書
神社一件書類等
その他　北海道環境緑地保護地区。北海道自然百選。

境内外末社

聖徳神社(しょうとくじんじゃ)　聖徳太子　手置帆負神　彦狭知神
古峯龍尾神社(ふるみねたつおじんじゃ)　古峯大神　龍尾大神・士別山神社　大山祇大神　木花開耶姫神　久久能智神