由来

　社記によると、崇徳天皇の時代、保延元年（1135）融通念仏宗開祖、良忍上人という高僧がこの地に着き、この処は、神霊の宿るところと里人に言い伝えた。本州と北海道に渡る津軽海峡は海流の激しいところで、海難事故が多かったので海上安全を願って神社を祀ったという。北海道では最古の神社である。古くは観音堂、江戸時代には船魂大明神として祀られた経緯がある。明治12年村社に列する。古書には、延享年間（1745）嘉永年間（1848）明治40年、昭和2年にそれぞれ社殿新築の記録がある。現在の社殿は、昭和37年に鉄筋コンクリート神明造である。函館港の安全と港湾作業に従事する人達の安全と繁栄を願って参拝者が多い。又義経伝説では、「蝦夷地検考録」によると文治の末（1190）義経が津軽より渡る時海流が激しく船魂の大神の神助にて一命を助けられ船魂神社に詣でた、とされている。
合併により合祀された歴史をもつ御祭神
愛宕神社

特殊神事

松前神楽